Wirbeltiersammlung
Vögel
In Zusammenarbeit mit anderen Einrichtungen wurde eine umfangreiche Sammlung aufgebaut (ca. 6.200 Standpräparate und Bälge). Neben Belegen aus der Heimatregion gehören zahlreiche Vogelarten aus der übrigen Paläarktis (Landmassen Europas und Nordafrikas bis zum Südrand der Sahara und Asiens) sowie aus anderen Faunenreichen dazu. Im Sammlungsbestand ist eine Reihe seltener und zum Teil vom Aussterben bedrohter Arten vertreten.
Säugetiere
Neben der umfangreichen Belegsammlung einheimischer Säugetiere sind darüber hinaus auch Vertreter aus allen relevanten Ordnungen vorhanden. Insgesamt gehören zur Sammlung mehr als 900 Belege. Neben Raubbeutlern und Primaten sind in der Sammlung die wichtigsten Arten der einheimischen „Kleinsäuger“ vorhanden, ebenso ist das Artenspektrum der einheimischen Landraubtiere (Carnivora) vollständig vertreten. Besondere Kostbarkeiten sind u.a. eine historische Dermoplastik eines Orang-Utans und ein Okapi-Weibchen.
Skelettsammlung
Der Umfang der Sammlung beträgt mehr als 1.000 Skelette bzw. -teile mit dem Schwerpunkt einheimische Vögel und Säugetiere; von letzteren gibt es eine umfangreiche Schädelsammlung. Ein Teil der Skelette ist aufgestellt, darunter neben Rothirsch und Hauspferd auch Schnabeltier, und Kiwi. Eine Besonderheit ist ein fast vollständiges Skelett vom Großen Panda, das um 1915 an das Museum kam.
Alkoholsammlung
Die Sammlung der Schwanzlurche (Caudata) weist heutzutage 1.300 Katalognummern in 70 Arten auf, teilweise in mehreren Unterarten. Ebenfalls sind neun Typusbelege vorhanden, die eine hohe wissenschaftliche Relevanz besitzen und von denen die meisten zu den wenigen nach dem 2. Weltkrieg geretteten Belegen aus der berühmten Sammlung von Dr. Willy Wolterstorff gehören. Weiterhin ist die Spezialsammlung der Eidechsen (Gattung Lacerta) mit Belegen aus ganz Europa, der Kaukasusregion und Mittelasien besonders wertvoll. Die Fischsammlung umfasst Alkoholpräparate sowie bemalte Abgüsse von originalen Fischbelegen.